公司支付房屋租金在支付的时候，计入到预付账款科目进行核算，并在实际受益期间内进行摊销。因为是员工的房屋，所以要计入到管理费用—福利费科目，其分录为，

借：预付账款，

应交税费—应交增值税—进项税额，

贷：银行存款等。

实际受益期间内，做如下分录，

借：管理费用—福利费等，

贷：预付账款。