工程罚款应计入营业外支出科目进行核算。

营业外支出是指企业在生产经营期间，固定资产清理所发生的损失，借记“营业外支出”科目，贷记“固定资产清理”科目。企业在清查财产过程中，查明固定资产盘亏，借记“营业外支出”科目，贷记“待处理财产损益—待处理固定资产损溢”科目。

借：营业外支出—罚款支出，

贷：银行存款。