开银行承兑汇票的保证金应该通过其他应收款—保证金这个二级科目进行核算，具体操作如下：

支付保证金时，

借：其他应收款—保证金，

贷：银行存款，

之后收回保证金时，

借：银行存款，

贷：其他应收款—保证金。