企业多收的货款应该通过往来会计科目进行核算，具体的操作如下：

收到预收款时，

借：银行存款，

贷：预收账款，

确认收入，冲减预收款时，

借：预收账款，

贷：主营业务收入，

应交税费—应交增值税（销项税），

多收客户的货款进行归还时，

借：预收账款，

贷：银行存款。