补交相关税款，应该通过缴纳税款的相关分录做账，一般补交的是增值税、企业所得税、个人所得税及其他税费，应当通过“应交税费”相关二级科目以及“银行存款”科目核算。

1、补交增值税时：

借：应交税费—未交增值税，

贷：银行存款。

2、补交企业所得税时：

借：应交税费—应交所得税，

贷：银行存，款

3、补交其他税费时：

借：应交税费—应交城建税等相关明细，

贷：银行存款。