证券结算款会计科目核算因买卖证券、回购证券、申购新股、配售股票等业务而发生的，应与证券登记结算机构办理资金清算的款项。如果卖出证券成交总额大于买入证券成交总额为应收证券清算款；如果买入证券成交总额大于卖出证券成交总额为应付证券清算款。