滞纳金和应纳税额可以分开缴纳的。企业在实际缴纳税费的时候，可以分开勾选滞纳金和税额，分开缴纳。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。