增量留底退税基数如下，

1、适用于部分先进制造业纳税人

允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例

2、除部分先进制造业以外的所有行业纳税人

允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%

在上述计算公式中，进项构成比例，为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。计算时，需要将上述发票汇总后计算所占的比重。