土地增值税清算是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。

先根据房地产开发项目计算总的土地增值税应纳税额，减去已经预交的土地增值税税款，就是应补退的土地增值税税款金额。