公司支付给员工的车辆补助费，属于员工福利的一种，应该根据员工所在部门，计入到管理费用—福利费或者销售费用—福利费科目。其对应的分录为，

借：管理费用—福利费，

贷：应付职工薪酬—福利费。

实际支付的时候，

借：应付职工薪酬—福利费，

贷：银行存款等。