三方协议办理前，公司首先要办理基本户的开立，之后纳税人可登录后电子申报系统通过选择“我要办税”，进入“综合信息报告”，再选择“制度信息报告”，进入“网签三方协议”，填写并提交相关开户行信息及纳税人信息。纳税人根据提示信息，联系开户银行完成后续业务办理。目前部分开户银行可全程完成三方协议网签。