免税企业的增值税一般有两种操作方式，一种方式是企业在确认收入的时候，确认对应的税额，然后再实际减免时转入到营业外收入科目，另外一种方式是，企业在确认收入的时候，不计提对应的增值税，直接将金额全额转入到主营业务收入科目进行核算。