运输公司收到运输费时，计入主营业务收入，其会计分录如下：

借：库存现金/银行存款/应收账款，

贷：主营业收入—运输收入，

贷：应交税费—应交增值税（销项税额）。

总站对分站之间可以设置其他应收款—进款往来科目，以反映总站与分站各项营业收入的解交和结算情况，其会计分录如下：

收到分站交来运输收入：

借：银行存款

贷：其他应收款—进款往来。