一般纳税人销售水杯增值税专用发票税率为13%，小规模纳税人销售水杯增值税专用发票税率为3%。增值税是以商品（含应税劳务）在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。我国现行增值税属于比例税率，根据应税行为一共分为13%，9%，6%三档税率及5%，3%两档征收率。