总分公司如果是独立核算，之间发生了往来业务按正常的经营往来做账务处理就可以了，所以总公司取得分公司的增值税专用发票直接做抵扣处理就可以的。

借：库存商品等，

应交税费—应交增值税（进项税额），

贷：应付账款—分公司。