二者概念不同：全额拨款事业单位也称为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式；差额拨款事业单位按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算；单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等。