申请红字负数发票查证未通过一般是采购方认证抵扣了，销售方提交开具红字发票信息表，就会出现查证未通过的现象了。这种情况下，企业应该先去税务局大厅申请撤销申请，然后跟购货方沟通，由购货方来申请红字信息表，然后再由销售方开红字发票。