电子税务局需要上传的三方协议的操作流程为，企业办理完所需要的营业执照后，拿上企业的营业执照正副本原件，经办人身份证原件，法人身份证原件，公章，财务章、法人章去银行签订三方协议，然后拿对应的三方协议，在电子税务局填写并上传对应的图片，税务局审核后即可。