总公司和分公司作为增值税链条上的独立纳税人,应当根据税收法律法规,独立核算和纳税申报,总公司与分公司的业务往来也应当独立作价并开具发票,以分公司名义取得的进项抵扣凭证不能在总公司做进项抵扣。

已办理正式税务登记的分支机构符合条件的,可申请登记为一般纳税人。

根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发[1995]192号)规定:

纳税人购进货物或应税劳务,支付运输费用,所支付款项的单位,必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致；才能够申报抵扣进项税额,否则不予抵扣。