固定资产发票金额大于付款金额说明是有部分款项没有支付。

借：固定资产，应交税费——应交增值税（进项税额），

贷：银行存款等科目，应付账款（没有支付部分）。

如果多出部分不需要支付，那就是这样做分录：

借：固定资产，应交税费——应交增值税（进项税额），

贷：银行存款等科目，营业外收入（不需要支付部分）。