公积金贷款和商业贷款的主要差别在于贷款利率。根据提供的信息，公积金贷款的利率通常低于商业贷款利率。具体来说：

公积金贷款五年以下年利率为2.75%，五年以上年利率为3.25%。

商业贷款一年以内基准利率为4.35%，1-5年为4.75%，五年以上为4.90%。

两者的利率差约为2%左右。以贷款100万元，期限为20年为例，如果采用等额本息还款方式，公积金贷款的总利息大约为325000元，而商业贷款的总利息大约为490000元，两者相差约165000元。

需要注意的是，实际利率可能因地区、银行政策、市场情况等因素有所不同，并且公积金贷款和商业贷款在首付比例、贷款额度、提前还款政策等方面也存在差异。