马云通过阿里巴巴的事业合伙人制度来控制公司。这个制度的主要特点包括：

投票权委托：

马云通过将部分投票权委托给合伙人，从而保持了对公司的控制。

董事会提名权：

合伙人拥有半数以上董事会的提名权，这让他们能够对公司的管理层和重大决策产生决定性影响。

永久合伙人：

马云和蔡崇信是永久合伙人，他们的地位不随股权变化而改变，这意味着他们可以持续参与公司治理。

合伙人选举：

永久合伙人由选举产生，这保证了马云能够持续影响公司的领导层和决策过程。

通过这样的制度设计，马云即使不再是公司的最大股东，也能够保持对阿里巴巴的控制权