企业如果进行了企业所得税的重复申报，可能会导致以下情况：

重复扣税：

如果账户上的资金足够，重复申报成功后会被扣款。企业应在汇算清缴后根据汇算清缴情况进行退补税处理。

账户资金不足：

如果账户上的资金不足以支付税款，企业需要向税务机关说明情况，并尝试作废申报数据。

撤销申报：

如果地税还未审核，企业可以撤销后面的重复申报。如果已经审核通过，税务机关将以最后一次申报为准。

系统自动处理：

程序上一般会自动冲掉上次重复申报的内容，正常情况下不会重复扣税。

退款申请：

如果发生了重复扣款，企业可以去税务机关申请退款。

咨询专管员：

遇到此类情况，最好咨询税务专管员，避免因操作不当导致重复扣款。