医药公司做账的基本流程包括以下几个步骤：

票据收取整理

定期（如每周两次）到药剂科收取药品购进和领用单据。

将所有单据（如发票、清单和入库单）按公司分类整理好。

票据（入库单）数据核算与核对

核对发票、清单与入库单的数据一致性，确保信息无误。

发现并处理药库多入、少入或漏入等问题。

计算从不同公司购进的西药、中药的金额合计。

月末将所有入库单据数据与药库提供的供应分析表核对，确保无误后进行账务处理。

会计科目设置及账务处理

记录药品的进货成本，使用会计分录如“借：库存商品——药品 贷：应付账款/银行存款”。

结转销售成本，通常采用先进先出法或移动加权平均法。