树苗的运费可以根据具体情况计入不同的会计科目：

1. 如果树苗是用于生产目的，运费可以计入生产成本或者销售费用中的运输费科目。

2. 如果树苗是用于销售目的，运费通常计入销售费用科目。

3. 对于苗木生产基地的苗木运费，可以计入工程施工——合同成本科目核算。

4. 如果苗木的运费金额不大，也可以直接计入费用。

请根据您的具体情况选择合适的会计处理方法。