代垫运费通常应计入应收账款科目。具体的会计分录如下：

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借：应收账款（含税价款 + 代垫运费）

贷：主营业务收入

应交税费—应交增值税（销项税额）

银行存款（代垫运费）

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当企业收回代垫的运费时，会计分录为：

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借：银行存款

贷：应收账款

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请根据实际业务情况选择相应的会计科目进行核算