跨市项目纳税应遵循以下步骤：

税务登记：

分包方需在工程所在地的税务机关进行税务登记。

预缴税款：

分包合同签订后，分包方需根据工程所在地税务机关的规定，预缴税款。

纳税申报：

工程完工后，分包方应向税务机关报送工程结算报表，并依法纳税。纳税时，根据分包收入和适用税率计算应纳税额，可能包括增值税、企业所得税等。

财务报表：

分包方需定期向税务机关报送相关财务报表，接受税务检查。

税收政策差异：

注意不同地区的税收政策可能存在差异，确保合规纳税。

预缴企业所得税：

建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。

备案登记：

在项目所在地的税务部门进行备案登记，以确保在异地缴税时能够享受到相关税收政策的优惠。

请根据具体情况，并参照最新的税收政策和规定，与项目所在地和机构所在地的税务机关进行沟通和确认