在营改增政策下，土方工程抵扣增值税的方式如下：

使用增值税专用发票

建筑公司提供的劳务、购买材料的进项税以及日常办公费用的进项税（如办公用品、水电费等）可以使用增值税专用发票进行抵扣。

选择合适的计税方法

一般纳税人可以选择简易计税方法，对于清包工方式提供的建筑服务或甲供工程提供的建筑服务，可以选择适用简易计税方法，此时只能开具税率为3%的增值税普通发票。

注意发票类型

对于土方回填等工程，如果使用的是增值税普通发票，则进项税不可以抵扣。

如果选择简易计税方法，则不能开具增值税专用发票，即便取得了此类发票，也不能用于抵扣。

土地出让金

土地出让金不是抵扣，而是可以差额扣除。

其他注意事项

除了用于集体福利和个人消费的进项税外，其他如办公费、固定资产、工程物资和原材料的增值税专用发票均可用于抵扣。

请根据您的具体情况选择合适的抵扣方式，并确保遵守相关税法规定。