运输发票的抵扣方法如下：

获取合法发票

企业支付运输费用时应索取合规的增值税专用发票。

发票认证

使用金税盘或税控盘，通过网上认证平台进行认证。

认证步骤包括：登录平台、勾选进项发票、抵扣勾选、抵扣勾选统计、申请统计、统计查询、确认签名等。

进项税额计算

国内旅客运输服务的进项税额计算依据不同票据类型有所不同。

例如，火车票的进项税额计算公式为：票面金额 / （1 + 9%） × 9%。

抵扣条件

发票必须是合法有效的，注明“国内客运服务”。

运输费用必须是实际发生的，与企业的生产经营活动直接相关。

运输费用的价格应当合理，符合市场行情和行业标准。

抵扣申报

在增值税纳税申报时，将符合条件的运输费用作为进项税额进行抵扣。

填写申报表时，应按照税务部门的要求进行分类和归集。

税务审核

税务机关将对企业申报的抵扣项目进行审核，确保其符合相关法规和政策要求。

请注意，以上信息仅供参考，具体操作可能因地区和政策更新而有所变化。建议以最新的官方信息为准