留底税额的抵扣通常遵循以下步骤：

登录税务机关网站

使用已缴纳的税款证明登录当地税务机关的网站，进入纳税服务大厅。

找到留底抵欠模块

在纳税服务大厅中找到“留底抵欠”或“增值税留抵抵欠”等相关模块。

填写申请信息

按照指引填写必要的信息，如申报人姓名、税务机关流水号等。

上传缴税凭证

要求上传已缴纳的税款凭证，如缴款凭证、发票等。

提交申请

提交申请后，税务机关会进行审核。

审核与修改

审核通过后，如果发现缴款信息有误，可以修改错误信息并重新提交申请。

自动扣除税款

税务机关审核无误后，会自动从留底税额中扣除相应的税款，并生成纳税清册。

确认结清

申报者核对纳税清册无误后即可确认税款已结清。

请注意，留底税额的抵扣可能受到特定规定和条件的影响，例如挂账留抵税额的处理可能较为特殊，需要根据相关税务公告和规定进行计算和逐步抵减。