工程施工企业在处理工程款项时，需要根据不同的业务场景进行相应的会计分录。以下是几个常见的场景及其对应的会计分录：

1. 收到预付工程款：

```

借：银行存款

贷：预收账款

应缴税费-应缴增值税-销项税

```

2. 工程完工结算时：

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借：预收账款/应收账款

贷：工程结算收入

```

3. 收到工程款项（包括进度款和尾款）：

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借：银行存款

贷：应收账款

```

4. 收到发票时的会计分录（假设为一般纳税人，开具增值税发票）：

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借：在建工程

同时借：应交税费-应交增值税（进项税额）

贷：应付账款

```

5. 工程完工后，根据决算文件确认收入和成本：

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借：主营业务成本

工程施工——合同毛利（倒挤）

贷：主营业务收入

```

6. 工程结算与工程施工对冲：

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借：工程结算

贷：工程施工

```

以上会计分录根据不同的业务场景和会计政策可能会有所调整。请根据具体情况选择合适的会计处理方法。需要注意的是，会计分录应遵循会计原则和规定，并确保账目的准确性和合规性。