分包工程的税务处理通常涉及以下几个步骤：

进项税额抵扣

当收到分包方开具的增值税专用发票时，借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，贷记“银行存款”或“应付账款”等科目。

代扣代缴税费

总承包企业需要根据税法规定，在支付分包款项时代扣代缴增值税、营业税、城建税、教育费附加等税费。

编制会计分录，例如代扣代缴增值税时：

```

借：应付账款——分包单位

贷：应交税费——应交增值税

借：应交税费——应交增值税

贷：银行存款

```

总承包企业还需向税务机关提供分包协议等资料，并申请开具代扣代缴完税凭证，该凭证可作为分包人开具发票的依据，避免重复纳税。

发票开具与税金交纳

分包单位根据实际完成的工程量开具发票，并缴纳相应的税金。

总承包企业收到发票后，根据发票金额及相应计缴的税金入账。

税金的结转

在确认分包工程完工并收到分包方的结算单时，根据结算单上应支付的工程款金额和增值税专用发票上注明的税额进行税金的结转。

如果分包方已经缴纳了相应的税金，总承包企业可以根据规定申请退税或用于抵顶未来的税金。

请注意，税务处理应遵循最新的税法规定和会计政策，并且可能因地区和企业具体情况有所不同。建议在实际操作中咨询专业的税务顾问或会计师