高速通行费抵扣应填写在增值税申报表的附表二。具体步骤如下：

1. 在增值税申报表附表二的第八栏“其他”中填写高速公路通行费的可抵扣进项税额。

2. 同时，在《本期抵扣进项税额结构明细表》的第30栏“通行费的进项”中填写相应的进项税额。

请确保按照正确的税率和计算公式计算可抵扣的进项税额，并正确填写在相应的栏目中。如果有疑问，可以咨询专业的税务人员或会计师。