代发工资的个税通常由实际用人单位扣缴。以下是具体的扣税流程和规定：

计算个税：

用人单位根据员工的工资薪金所得，计算应扣缴的个人所得税额。

申报个税：

被代发人在财政部门进行个人所得税的申报。

代扣代缴：

用人单位在发放工资前，根据计算出的税额进行代扣代缴。

缴纳税款：

用人单位将代扣代缴的税款统一缴至当地地税局。

起征点：

工资薪金所得在扣除起征点（如每月5000元）后，超出部分才需缴纳个人所得税。

专项扣除：

在计算应纳税所得额时，可以扣除专项扣除（如社会保险和住房公积金）、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。

请注意，以上信息基于最新的法规和政策，具体操作可能因地区而异。如有疑问，请咨询当地税务部门