软件企业在运营过程中需要缴纳的主要税种包括：

增值税

一般纳税人增值税税率为17%。

小规模纳税人增值税税率为3%。

软件企业可享受即征即退政策，即对增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退。

企业所得税

软件企业通常适用的企业所得税税率为25%。

软件企业可享受“两免三减半”政策，即第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。

国家鼓励的软件企业，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。

国家鼓励的重点软件企业，第一年至第五年免征企业所得税，接续年度减按10%的税率征收企业所得税。

附加税

教育费附加，按增值税的一定比例缴纳（如3%）。

地方教育费附加，按增值税的一定比例缴纳（如2%）。

城市维护建设税，根据增值税的一定比例缴纳。

其他税种