农产品加计扣除1%的计算方法如下：

1. 确定农产品的销售收入金额。

2. 将销售收入金额乘以1%，得到加计扣除的金额。

3. 在计算应纳税所得额时，将加计扣除的金额从销售收入金额中减去。

例如，如果某农民销售了10000元的农产品，那么加计扣除的金额为10000元×1% = 100元，实际应纳税所得额为10000元 - 100元 = 9900元。

需要注意的是，农产品加计扣除1%的适用范围为符合国家规定的农产品生产经营者，且每个纳税年度累计不超过10万元。

会计分录示例如下：

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借：生产成本——基本生产成本（直接材料）

应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：原材料

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以上信息基于最新的参考资料，并考虑了时效性。