员工旷工扣的工资按扣除旷工工资之后的金额计提就是了。比如月工资是5000，旷工扣的工资是500，就只需要按4500做计提，支付工资分录就是了。

工资扣款会计分录：

1、月末计提时：

1）计提工资：

借：管理费用-工资

销售费用-工资

生产成本-直接人工

制造费用-工资

贷：应付职工薪酬-工资（应发数）

2）计提社保：公司承担部分

借：管理费用-社保费

销售费用-社保费

生产成本-直接人工

制造费用-社保费

贷：应付职工薪酬-社保（公司承担部分）

3）计提公积金：公司承担部分

借：管理费用-公积金

销售费用-公积金

生产成本-直接人工

制造费用-公积金

贷：应付职工薪酬-公积金（公司承担部分）

2、发放工资时：

借：应付职工薪酬-工资→应发数

贷：其他应付款-社保（下月交银行，先扣出）→扣款

应交税费-应交个人所得税→扣款

银行存款→实发数

3、支付社保时：

借：应付职工薪酬-社保费（公司承担部分）

其他应付款-社保费（个人承担部分）

贷：银行存款

4、支付公积金时：

借：应付职工薪酬-公积金（公司承担部分），

其他应付款-公积金（个人承担部分），

贷：银行存款。