运费的增值税记入“应交税费--应交增值税--进项税额”会计科目。具体操作如下：

```

借：相关成本费用科目

借：应交税费--应交增值税--进项税额

贷：银行存款（或应付账款等科目）

```

如果是一般纳税人，并且取得了增值税专用发票，则增值税应计入“应交税费-应交增值税（进项税额）”科目。如果是小规模纳税人，则增值税应计入相关成本费用科目。

请根据您的具体情况选择相应的会计处理方法