如果您想要将会计证从南京转入南通，您可以按照以下步骤进行操作：

准备材料

您的原始会计证；

身份证原件及复印件；

如果适用，户口迁移证明；

在南通找到工作后，由新单位出具的工作证明；

从南京的会计证颁发机构获取档案转递证明（如果适用）。

办理转出手续

携带上述材料前往南京市所在的区县财政局会计科提出迁移申请；

工作人员会对材料进行审核，确认无误后，会在您的会计证上加盖迁移章。

办理调入手续

持已加盖迁移章的会计证及相关材料到南通市所在地的区县财政局会计科；

提交迁移申请表和其他材料，进行审核；

审核通过后，南通市财政局会计科会为您办理新的会计证，并收回旧证。

请注意，具体的流程和所需材料可能会有所变动，建议在办理前向南通市财政局会计科咨询最新的办理流程和所需材料。