当企业收到运输赔偿款时，会计入账方法如下：

赔偿款性质

如果赔偿款是由于货物在运输过程中发生破损而获得的，通常应计入“其他应收款”科目。

如果赔偿款是由于违反合同等经营行为导致的，可能会计入“管理费用”或“销售费用”科目。

与生产经营无关的赔偿费用，一般应记入“营业外支出”科目。

会计分录

收到赔偿款时：

如果之前有货物损失并已做账，赔偿款到账时：

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借：其他应收款

贷：待处理财产损益

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如果赔偿款是由于货物损坏，且物流公司重新购买货物补偿给购买方，则需要给运输公司开具发票，会计分录为：

税务处理

赔偿款通常不属于增值税应税行为，因此不需要开具发票。

在申报企业所得税时，根据税法规定，赔偿费用通常不允许税前扣除，需要在申报表中调增应纳税所得额。