员工借款的扣除应遵循以下原则和步骤：

协商一致

员工和公司之间应就借款的扣除事宜进行协商，并达成一致。

书面同意

公司在扣除员工工资前，应获得员工的书面同意。

扣除后的工资不得低于当地月最低工资标准。

合法扣除

扣除借款通常适用于员工逾期还款或拒绝偿还的情况。

扣除借款应依据《工资支付暂行规定》和《个人所得税法》等相关法律法规执行。

财务处理

员工借款应通过“其他应收款”科目进行核算。

扣除借款时，会计分录应准确反映借款的扣除情况。

借条和还款计划

员工向公司借款时，应出具借条，并在借条中明确约定归还时间和方式。

可以约定在工资中逐步扣除作为偿还方式，但需注意扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

利息和费用