当企业收到预付券的发票时，入账流程通常如下：

1. 核对发票信息，确保发票真实有效。

2. 将发票金额计入“预付账款”科目。

3. 根据实际情况，进行会计分录。如果预付券用于购买商品或服务，并且已经收到货物或服务，则会计分录可能如下：

```

借：预付账款

贷：银行存款

```

如果预付券用于购买商品或服务，但尚未收到货物或服务，则会计分录可能如下：

```

借：预付账款

贷：其他应收款

```

4. 在财务软件中录入相关凭证，确保账务准确。

5. 如果涉及增值税，还需进行相应的税额处理。

请根据具体情况选择相应的会计科目，并确保所有会计分录都符合《企业会计准则》及相关规定。