建筑分公司的税务处理通常遵循以下原则：

增值税

分支机构作为固定业户，应向机构所在地的主管税务机关申报纳税。

如果总机构和分支机构不在同一县（市），应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。

经国家税务总局或其授权的税务机关批准，总机构可以汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。

企业所得税

如果总分机构均在一省范围内，由省级税务机关明确纳税申报所在地。

如果总分机构跨省市，由国家税务总局明确纳税申报所在地。

其他税种

包括城建税、教育费附加、印花税、个人所得税等。

城建税、教育费附加通常以流转税（如营业税、增值税、消费税）为计税依据。

个人所得税由发放工资薪金的企业代扣代缴。