在建工程的预付款应该根据款项的性质和用途，在会计上采取不同的核算方式。以下是具体的核算方法：

1. 如果预付款是用于预付大型设备款，则应该在“工程物资”科目中核算。

2. 对于基建工程、安装工程、技术改造工程、大修理工程等发生的预付款，应该在“在建工程”科目中核算。

3. 在新准则下，企业的预付工程款在“预付账款——预付工程价款”下核算，不能直接计入在建工程成本。

4. 在建工程的预付账款在定期结算时转入在建工程。

5. 如果预付款项情况不多，也可以不设置“预付账款”科目，而是将款项直接记入“应付账款”科目。

会计分录示例：

预付在建工程款时：

```

借：预付账款——工程款

贷：银行存款

```

根据工程进度结算工程价款时：

```

借：在建工程

贷：预付账款——工程款

银行存款

```

请根据您的具体情况选择合适的会计处理方法。