金税盘减免税款应计入“管理费用”科目。具体的会计分录如下：

1. 当企业购买金税盘等设备时，会计分录为：

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借：管理费用—办公费

贷：银行存款等

```

2. 当按规定抵减的增值税应纳税额时，会计分录为：

```

借：应交税费——应交增值税（减免税款）

贷：管理费用

```

这样的处理方式反映了企业因购买税控设备而获得的税收优惠，减免的税款作为管理费用的一部分，减少了企业的应纳税额，从而减轻了企业的税收负担。