建设工程税款的抵扣主要涉及增值税的抵扣。以下是增值税抵扣的基本流程和注意事项：

销项税计算

销项税等于工程结算金额乘以适用的增值税税率（如13%）。

进项税计算

进项税是指企业在施工过程中取得的增值税进项发票上注明的税额，需根据各类成本乘以对应的增值税税率计算。

抵扣条件

只有用于增值税应税项目的进项税额才能从销项税额中抵扣。

购进需要安装的固定资产，取得增值税专用发票或进口完税凭证，增值税可以抵扣。

工程领用生产用原材料，原进项税不用转出，只结转领用材料的成本。

工程领用本企业生产的产口，不需要计算销售项税额，只结转库存商品成本。

认证和申报

取得增值税专票后，必须在规定时间内进行认证才能进行进项抵扣。

一般纳税人取得的增值税专用发票，应自开具之日起360日内认证，并在规定的纳税申报期内申报抵扣进项税额。

注意事项

发票的备注栏应注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称。

应选择具备一般纳税人资格的建筑服务商签订协议，并及时取得增值税专用发票。

确保“货物、劳务及服务流”、“资金流”、“发票流”三流一致。

某些情况下，如用于不动产建设的在建工程物资，进项税额可能不可抵扣。

请根据最新的税法规定和具体情况，进行增值税的抵扣操作。