工厂代工开票应遵循以下步骤：

确定发票种类

通常需要开具增值税专用发票。

若双方有其他约定，可根据约定开具相应种类的发票。

确定开票金额

根据委托加工合同约定的金额或实际发生的金额进行开票。

收集相关资料

包括委托加工合同、双方纳税人识别号、地址、电话等信息。

申请纳税人身份

工厂需要按照税法规定申请纳税人身份，并在税务部门进行备案。

开具发票

在开票系统中录入委托方和工厂的信息。

输入委托加工项目的名称、规格型号、数量、单价等。

确认税率，并计算税额。

核对发票内容，确保无误后打印发票。

发票内容

票面上应清晰标明公司名称、纳税人识别号、开票日期、商品或服务信息、税率和税额等内容。

报税申报

开票后需按照相关要求保存并及时向税务部门报税申报。

注意事项

收取的加工费在填开增值税专用发票时应与实际交易相符，可以开具为加工费，并依法缴纳增值税。

若工厂长期从事代加工业务且经营范围中无此项业务，应及时办理变更经营范围手续和税务登记证变更手续。

请确保遵循最新的税法规定和地方税务部门的具体要求，因为税法和相关规定可能会有更新。