已做账的发票作废需要遵循以下步骤进行操作：

确认作废条件

发票开具错误。

购货方退货。

其他符合作废条件的情形。

准备相关材料

需要作废的发票原件。

发票作废申请表。

企业营业执照。

税务登记证。

法人或负责人身份证明。

提交作废申请

将准备好的申请材料提交到当地税务机关。

等待审核

税务机关会对申请材料进行审核，审核通过后，会出具发票作废审批通知书。

作废操作

收到发票作废审批通知书后，由开票方进行发票作废操作。

如果是电子发票，在开具方的电子发票平台上进行作废操作。

如果是纸质发票，在发票上注销发票信息，并加盖“作废”章，同时报送给税务机关。

更正纳税申报表

由于发票作废会影响到已经申报的纳税申报表，需要对纳税申报表进行更正。

账务处理

对已经入账的发票进行冲销处理，将原始发票的金额从相应的会计科目中减去。

记录作废事由，并在账务记录中说明作废原因。

处理与作废发票相关的支付或收款凭证。

更新账务记录，确保所有与作废发票相关的账务记录都被更新。

及时沟通和调整

与相关部门或人员进行沟通，并协调解决该问题。

如涉及跨月作废，需要在税控系统中输入发票代码，并开具红字发票。

请确保在有效期间内提出及时作废申请，防止发票被误用。作废操作应遵守税务机关的规定，并确保操作的规范性和合法性，避免税务风险。