连锁店缴税的方式通常遵循以下步骤和原则：

税务登记

在开业之初，连锁店需要在所在地的税务机关完成税务登记手续，以合法经营。

纳税种类

连锁店通常需要缴纳的税种包括增值税、企业所得税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等。

增值税

增值税一般按月或按季申报纳税，计算依据为销售商品或提供服务的收入。

对于跨地区经营的直营连锁店，若满足一定条件（如统一经营、微机联网、统一核算等），可以由总部向所在地税务机关统一申报缴纳增值税。

企业所得税

企业所得税通常按年度申报，以企业全年利润总额为基数，扣除合理成本费用后计算应纳税所得额。

对于省内跨区域设立的直营门店，若由总部统一经营、统一核算等，总部可向其所在地税务机关统一申报缴纳企业所得税。

分店若为公司的分支机构且不具备独立法人资格，通常由总部统一纳税。

发票管理

连锁店需要依法开具发票，确保纳税申报的真实性、准确性和完整性。

汇总申报

所得税可能采用汇总申报的方式。

请注意，税法规定可能会有更新，具体操作应遵循当地税务机关的最新规定。