运费开票抵扣增值税的步骤如下：

获取合法发票

确保运费发票信息完整、准确，包括运输服务的名称、数量、单价、金额等。

录入财务软件

将发票信息录入财务软件，进行凭证录入。

税务申报系统操作

在税务申报系统中选择相应的抵扣项目，如增值税进项税额。

上传发票信息

将发票信息上传至税务系统，等待税务机关审核。

审核与抵扣

审核通过后，在增值税纳税申报表中填写相关抵扣信息，完成抵扣操作。

注意事项：

抵扣的运费发票必须真实、合法，且属于应税服务范围内的运输费用。

对于铁路运输发票，可按运费金额（不包括装卸费、保险费）的7%计算进项税额进行抵扣。